창업중소기업 판단, 실질적 사업주 기준으로

최근 대법원은 구 지방세특례제한법 제58조의3에 따른 창업중소기업 해당 여부를 판단할 때, 폐업이나 사업 확장 또는 업종 추가 전후로 명의자가 달라졌더라도 실질적으로 사업을 경영하는 사업주가 여전히 동일하다면 창업으로 볼 수 없다고 판단하였습니다(대법원 2026. 1. 29. 선고 2025두34876 판결). 대상 판결은 창업중소기업 판단 시 법인격의 형식적 독립성이 아닌 실질적 사업주의 동일성을 기준으로 해야 한다는 점을 명확히 했다는 점에서 실무상 중요한 의의를 가집니다.

I. 사안의 개요

원고 법인은 이 사건 부동산 취득 후, 이 사건 부동산이 창업중소기업의 사업용 재산이라는 이유로 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항에 따라 취득세 등의 감면신청을 하여 그 세액의 100분의 75를 감면받았습니다(지방세특례제한법 제58조의3).

그 후 피고는 원고 법인의 경우 실제 사업주가 동일한 종전 법인을 폐업한 후, 동종의 사업을 영위하거나 사업을 확장하기 위하여 설립된 법인으로 창업중소기업에 해당하지 않는다고 보아 감면된 취득세를 부과하였고, 원고 법인이 해당 처분의 취소를 청구하였습니다.

원심은 원고 법인이 사업을 영위한 것은 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호의 '폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우' 또는 같은 항 제4호의 '사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우'에 해당하지 않는다고 판단하였습니다,

II. 대법원의 판단

1. 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도의 취지

대법원은 "구 지방세특례제한법 제58조의3 제1항은 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 하고, 제6항 제3호가 정한 '폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우'이거나 제6항 제4호가 정한 '사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우'에 해당하는 것은 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다"고 판시하였습니다.

나아가 "구 지방세특례제한법상 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에 한하여 취득세의 감면혜택을 주려는 데 있다"고 판단하였습니다.

2. 창업 여부 판단 시 실질적 사업주 기준

대법원은 "위와 같은 규정의 문언 및 내용과 함께, 구 지방세특례제한법상 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에 한하여 취득세의 감면혜택을 주려는 데 있다는 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호, 제4호의 각 사유가 예정하는 행위 주체는 해당 사업을 실질적으로 경영하는 자를 의미한다고 봄이 타당하다"고 판시하였습니다.

3. 법인격의 독립성과 실질적 사업주의 동일성

대법원은 "폐업이나 사업 확장 또는 업종 추가 전후로 명의자가 달라졌더라도 실질적으로 사업을 경영하는 사업주가 여전히 동일하다면, 그 사업 경영에 이용된 사업체가 설령 법적으로 별개의 독립된 인격체라고 하더라도 위 각 사유에 해당할 수 있다고 보아야 한다"고 판단하였습니다.

4. 원심 파기환송

대법원은 "○○○은 폐업 전까지 종전 법인을 운영하였을 뿐 아니라 그 후 새로이 설립된 원고 법인까지 실질적으로 경영하면서 단지 배우자인 △△△을 대표이사로 내세웠을 가능성을 배제할 수 없어 보이는바, 이 경우 비록 종전 법인과 원고 법인의 법인격이 서로 별개라 할지라도 ○○○이 이들 법인 모두를 실질적으로 경영하는 주체인 이상, 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호, 제4호의 각 사유를 여전히 충족할 수 있다"고 판시하였습니다.

나아가 "원심으로서는 종전 법인과 원고 법인을 실질적으로 경영하는 자가 ○○○이었는지, 이러한 ○○○에 의하여 폐업 후 사업이 다시 개시되어 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업이 이루어졌는지, 또는 사업의 확장이나 다른 업종의 추가가 이루어졌는지 여부를 추가로 심리·판단하였어야 한다"고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송하였습니다.

III. 판결의 시사점

대상 판결의 가장 중요한 의의는 창업중소기업 해당 여부를 판단할 때 법인격의 형식적 독립성이 아닌 실질적 사업주의 동일성을 기준으로 해야 한다는 점을 명확히 했다는 것입니다. 종래 실무에서는 종전 법인과 신설 법인의 법인격이 별개라는 이유로 창업중소기업에 해당한다고 판단하는 경향이 있었으나, 대상 판결은 이를 명확히 배척하였습니다.

특히 대상 판결은 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호, 제4호의 각 사유가 예정하는 행위 주체는 해당 사업을 실질적으로 경영하는 자를 의미한다고 판시함으로써, 명의자가 달라졌더라도 실질적 사업주가 동일하다면 창업으로 볼 수 없다는 점을 명확히 하였습니다. 이는 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도의 입법 취지인 원시적인 사업 창출 효과를 실질적으로 달성하는 데 기여할 것으로 평가됩니다.

또한 대상 판결은 종전 법인의 운영자가 배우자를 대표이사로 내세워 신설 법인을 설립한 경우, 실질적 사업주가 동일할 가능성을 배제할 수 없다고 판단함으로써, 법인격의 형식적 독립성을 이용한 조세회피 행위를 방지하는 데 기여할 것으로 보입니다. 이는 향후 유사한 사안에서 법원이 실질적 사업주의 동일성을 판단할 때 중요한 기준이 될 것입니다.

IV. 창업중소기업 취득세 감면 분쟁에 대한 법무법인 시완의 전략

창업중소기업 취득세 감면 분쟁은 창업 해당 여부 판단, 실질적 사업주의 동일성 입증, 폐업 또는 사업 확장 여부 검토가 핵심 쟁점입니다. 법무법인 시완은 다음과 같은 전략을 제시합니다.

첫째, 실질적 사업주의 동일성을 정밀하게 분석합니다. 대상 판결이 명확히 한 바와 같이 창업중소기업 해당 여부를 판단할 때는 법인격의 형식적 독립성이 아닌 실질적 사업주의 동일성을 기준으로 해야 하므로, 종전 법인과 신설 법인의 대표이사, 주주 구성, 임직원 구성, 사업장 소재지, 사업 내용, 거래처 등을 종합적으로 분석하여 실질적 사업주가 동일한지 여부를 정확히 판단합니다.

둘째, 폐업 후 사업 재개시 또는 사업 확장 여부를 구체적으로 검토합니다. 대상 판결은 구 지방세특례제한법 제58조의3 제6항 제3호의 '폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우' 또는 같은 항 제4호의 '사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우'에 해당하는지 여부를 심리해야 한다고 판시하였으므로, 종전 법인의 폐업 사유, 신설 법인의 설립 경위, 사업 내용의 동일성 또는 유사성, 사업 규모의 변화 등을 면밀히 검토하여 창업 해당 여부를 정확히 판단합니다.

셋째, 명의 차용 또는 명의 대여 가능성을 적극적으로 주장합니다. 대상 판결은 종전 법인의 운영자가 배우자를 대표이사로 내세워 신설 법인을 설립한 경우 실질적 사업주가 동일할 가능성을 배제할 수 없다고 판단하였으므로, 신설 법인의 대표이사가 종전 법인 운영자의 배우자, 친족 등인 경우 명의 차용 또는 명의 대여 가능성을 적극적으로 주장하여 실질적 사업주의 동일성을 입증합니다.

넷째, 원시적 사업 창출 효과 유무를 구체적으로 입증합니다. 대상 판결은 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도의 입법 취지가 원시적인 사업 창출 효과가 있는 경우에 한하여 취득세 감면혜택을 주려는 데 있다고 판시하였으므로, 신설 법인의 설립이 새로운 고용 창출, 신규 거래처 확보, 신제품 개발 등 원시적 사업 창출 효과를 가져왔는지 여부를 구체적으로 입증하여 창업중소기업 해당 여부를 적극적으로 다툽니다.

창업중소기업 취득세 감면 분쟁은 실질적 사업주의 동일성 판단, 폐업 또는 사업 확장 여부 검토, 원시적 사업 창출 효과 입증 등 복잡한 사실관계와 법률 쟁점이 얽혀 있는 전문적 영역입니다. 법무법인 시완은 대법원 판례의 취지를 정확히 이해하고, 실질적 사업주의 동일성과 창업 해당 여부를 정밀하게 분석하여 의뢰인의 권익을 보호합니다.