최근 대법원은 상속으로 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 항 단서 표 2에서 정하는 '거주기간'은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미한다고 판단하였습니다(대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결). 대상 판결은 상속주택에 대한 장기보유 특별공제 적용 시 거주기간 산정 기준을 명확히 했다는 점에서 실무상 중요한 의의를 가집니다.

 

I. 사안의 개요

원고가 부친으로부터 상속받은 주택을 양도하면서 양도차익에 구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 단서 표 2에서 정한 보유기간에 따른 장기보유 특별공제율과 거주기간에 따른 장기보유 특별공제율을 곱하여 양도소득세를 신고·납부하였습니다.

그러나 피고는 원고가 위 주택을 취득한 후 거주한 기간이 단 1개월에 불과하여 거주기간에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받을 수 없다고 보아 양도소득세를 부과하였고, 원고가 양도소득세부과처분의 취소를 청구하였습니다.

원심은 원고가 위 주택을 상속으로 취득한 이후 위 주택에 거주한 기간은 1개월에 불과하여 장기보유 특별공제의 거주기간별 공제율이 적용되지 않는다고 판단하였습니다.

 

II. 대법원의 판단

1. 양도소득세 과세체계

대법원은 "구 소득세법 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로 '토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득'을 규정하고 있고, 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액인 '양도차익'에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다"고 판시하였습니다.

2. 장기보유 특별공제 규정

대법원은 "구 소득세법 제95조 제2항은 양도차익에서 차감할 장기보유 특별공제액에 대해 규정하면서 본문에서 '소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 6/100부터 30/100까지)을 곱하여 계산한 금액'을, 단서에서 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 12/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율(거주기간에 따라 8/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액을 합산한 금액'을 각 규정하고 있다"고 판단하였습니다.

나아가 "제95조 제4항 본문은 '제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다'라고 규정하고 있다"고 판시하였습니다.

3. 1세대 1주택의 거주요건

대법원은 "구 소득세법 제95조 제2항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것) 제159조의4는 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'을 '1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다'고 규정하고 있다"고 판단하였습니다.

그리고 "구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호는 구 소득세법 제98조 전문의 위임에 따라 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속이 개시된 날로 정하고 있다"고 판시하였습니다.

4. 거주요건 추가의 입법 취지

대법원은 "2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제159조의3은 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'을 '1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다'고 규정하고 있었으나, 위와 같이 소득세법 시행령이 개정되면서 '보유기간 중 거주기간이 2년 이상'이어야 한다는 거주요건이 추가되었다"고 판단하였습니다.

나아가 "이와 같이 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다"고 판시하였습니다.

5. 거주기간의 의미

대법원은 "위와 같은 관련 규정의 내용 및 체계, 특히 구 소득세법 시행령 제159조의4에 의하면 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 거주기간에 따른 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 양도자가 1세대 1주택에 거주한 기간이 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도한 날까지의 보유기간 중에 속해야 한다는 점이 문언 자체로 분명할뿐더러, '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 항 단서 표 2에서 정하는 '거주기간'은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미하고, 이는 주택의 취득원인이 상속인 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다"고 판단하였습니다.

6. 원심 판단 유지

대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원고가 위 주택을 상속으로 취득한 이후 위 주택에 거주한 기간은 1개월에 불과하여 장기보유 특별공제의 거주기간별 공제율이 적용되지 않는다고 판단한 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

III. 판결의 시사점

대상 판결의 가장 중요한 의의는 상속으로 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 항 단서 표 2에서 정하는 '거주기간'은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미한다고 명확히 했다는 것입니다. 종래 실무에서는 상속주택의 경우 피상속인의 거주기간을 상속인의 거주기간에 합산할 수 있는지에 대한 논란이 있었으나, 대상 판결은 이를 명확히 부정하였습니다.

특히 대상 판결은 구 소득세법 시행령 제159조의4에 의하면 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 거주기간에 따른 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 양도자가 1세대 1주택에 거주한 기간이 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도한 날까지의 보유기간 중에 속해야 한다는 점이 문언 자체로 분명하다고 판시함으로써, 상속주택에 대한 장기보유 특별공제 적용 시 거주기간 산정 기준을 명확히 하였습니다. 이는 향후 유사한 사안에서 법원이 상속주택의 거주기간을 판단할 때 중요한 기준이 될 것으로 보입니다.

또한 대상 판결은 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다고 판단함으로써, 장기보유 특별공제 제도의 입법 취지를 명확히 하였습니다. 이는 장기보유 특별공제 제도가 실수요자를 보호하기 위한 제도임을 재확인한 것으로 평가됩니다.

IV. 상속주택 양도소득세 분쟁에 대한 법무법인 시완의 전략

상속주택 양도소득세 분쟁은 거주기간 산정 기준, 장기보유 특별공제 적용 요건 검토, 피상속인의 거주기간 합산 가능 여부 판단이 핵심 쟁점입니다. 법무법인 시완은 다음과 같은 전략을 제시합니다.

첫째, 상속인의 거주기간을 정확히 확인합니다. 대상 판결이 명확히 한 바와 같이 상속으로 취득한 주택을 양도하는 경우 거주기간은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미하므로, 상속개시일부터 양도일까지 상속인이 해당 주택에서 실제로 거주한 기간을 주민등록표, 공과금 납부내역, 이웃 주민의 진술 등을 통해 정확히 확인합니다.

둘째, 장기보유 특별공제 적용 요건을 면밀히 검토합니다. 대상 판결은 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 거주기간에 따른 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 양도자가 1세대 1주택에 거주한 기간이 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도한 날까지의 보유기간 중에 속해야 한다고 판시하였으므로, 1세대 1주택 요건 충족 여부, 거주기간 2년 이상 요건 충족 여부 등을 종합적으로 검토하여 장기보유 특별공제 적용 가능 여부를 정확히 판단합니다.

셋째, 피상속인의 거주기간 합산 가능 여부를 구체적으로 검토합니다. 대상 판결은 상속주택의 경우에도 거주기간은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미한다고 판시하였으나, 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호는 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산하도록 규정하고 있으므로, 상속개시 당시 동일세대 여부, 동일세대로서 거주한 기간 등을 면밀히 검토하여 피상속인의 거주기간 합산 가능 여부를 정확히 판단합니다.

넷째, 실수요자 중심의 입법 취지를 적극적으로 주장합니다. 대상 판결은 거주요건이 추가된 것은 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다고 판시하였으므로, 상속인이 해당 주택에서 실제로 거주하면서 생활의 근거를 두었는지, 일시적인 거주가 아닌 계속적인 거주였는지 등을 구체적으로 주장하여 실수