재건축 청산금납부분, 신축주택 거주기간만 고려

최근 대법원은 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 장기보유 특별공제 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다고 판시하였습니다(대법원 2026. 1. 8. 선고 2025두34147 판결). 대상 판결은 재건축사업에서 청산금납부분과 기존건물분의 거주기간 산정 방식을 명확히 했다는 점에서 실무상 중요한 의의를 가집니다.

I. 사안의 개요

원고가 재건축된 신축주택을 양도하면서 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익 전체에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였습니다(소득세법 제95조, 소득세법 시행령 제166조). 그러나 피고는 원고가 '기존건물분 양도차익'에 대해서는 기존주택에서 보유기간 및 거주기간 요건을 모두 충족하였으므로 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있지만, '청산금납부분 양도차익'에 대해서는 원고가 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않았다는 이유로 구 소득세법 제95조 제2항 본문 표 1에 따른 장기보유 특별공제율을 적용하여 양도소득세를 부과하였습니다(소득세법 제95조, 소득세법 시행령 제159조의3). 이에 원고가 양도소득세부과처분의 취소를 청구하였습니다.

원심은 청산금납부분 양도차익에 대한 장기보유 특별공제는 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있고, 이와 달리 신축주택에서의 거주기간이 2년이 되지 아니할 경우에는 같은 항 본문 표 1에 따른 장기보유 특별공제만을 적용받을 수 있다고 보아, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분을 적법하다고 판단하였습니다.

II. 대법원의 판단

대법원은 "구 소득세법 제95조 제2항은 양도차익에서 차감할 장기보유 특별공제액에 대해 규정하면서 본문에서 '소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액'을, 단서에서 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액'을 각 규정하고 있다"고 판시하였습니다.

나아가 "구 소득세법 시행령 제159조의3은 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'을 '1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다'고 규정하고 있다"고 판단하였습니다.

대법원은 "구 소득세법 시행령 제166조 제5항 제2호는, 같은 조 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간에 관하여 규정하고 있는데, 이때 청산금납부분 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획 등 인가일부터 신축주택의 양도일까지의 기간으로, 기존건물분 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 기간으로 정하는 등 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익의 각 장기보유 특별공제액을 별도로 산정하고 이를 위해 보유기간 역시 구분하여 정하고 있다"고 판시하였습니다.

대법원은 "위와 같은 관련 규정의 문언과 체계 및 청산금을 납부한 경우의 신축주택의 양도차익에 관하여는 '청산금납부분'과 '기존건물분'으로 구분하여 각 보유기간별로 장기보유 특별공제를 달리 적용하도록 정해져 있을 뿐 아니라, '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정취지 등을 종합적으로 고려하면, 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 이에 따른 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 정한 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 하는 요건은, 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존건물에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 살펴야 하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 그 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다"고 판단하였습니다.

대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

III. 판결의 시사점

대상 판결의 가장 중요한 의의는 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 장기보유 특별공제 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다는 새로운 법리를 명확히 제시했다는 것입니다. 종래 하급심에서는 청산금납부분 양도차익에 대한 거주기간 산정 방식에 대해 견해가 나뉘었으나, 대상 판결은 청산금납부분과 기존건물분의 거주기간 산정 방식을 명확히 구별하였습니다.

특히 대상 판결은 청산금을 납부한 경우의 신축주택의 양도차익에 관하여는 '청산금납부분'과 '기존건물분'으로 구분하여 각 보유기간별로 장기보유 특별공제를 달리 적용하도록 정해져 있을 뿐 아니라, '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정취지 등을 종합적으로 고려하여야 한다고 판시함으로써, 향후 유사한 사안에서 법원이 재건축사업의 장기보유 특별공제 요건을 판단할 때 중요한 기준을 제시하였습니다.

IV. 재건축 양도소득세 분쟁에 대한 법무법인 시완의 전략

재건축 양도소득세 분쟁은 청산금납부분과 기존건물분의 구분, 거주기간 산정 방식 확정, 장기보유 특별공제율 적용 여부 판단이 핵심 쟁점입니다. 법무법인 시완은 다음과 같은 전략을 제시합니다.

첫째, 청산금납부분과 기존건물분의 양도차익을 정밀하게 구분합니다. 대상 판결이 명확히 한 바와 같이 청산금을 납부한 경우의 신축주택의 양도차익에 관하여는 '청산금납부분'과 '기존건물분'으로 구분하여 각 보유기간별로 장기보유 특별공제를 달리 적용하여야 하므로, 관리처분계획 등 인가일, 청산금 납부액, 기존건물의 평가액 등을 종합적으로 검토하여 청산금납부분과 기존건물분의 양도차익을 정밀하게 구분합니다.

둘째, 거주기간 산정 방식을 구체적으로 검토합니다. 대상 판결은 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존건물에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 살펴야 하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 그 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다고 판시하였으므로, 기존건물과 신축주택에서의 각 거주기간, 거주사실의 입증 방법 등을 면밀히 검토하여 장기보유 특별공제 요건의 충족 여부를 정확히 판단합니다.

셋째, 장기보유 특별공제율의 적용 범위를 명확히 합니다. 대상 판결은 '대통령령으로 정하는 1세대 1주택'에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정취지를 고려하여야 한다고 판시하였으므로, 청산금납부분과 기존건물분에 대한 각 장기보유 특별공제율의 적용 범위를 명확히 하여 납세의무자에게 유리한 결과를 도출합니다.

재건축 양도소득세 분쟁은 청산금납부분과 기존건물분의 구분, 거주기간 산정 방식 확정, 장기보유 특별공제율 적용 여부 판단 등 복잡한 법률 쟁점이 얽혀 있는 전문적 영역입니다. 법무법인 시완은 대법원 판례의 취지를 정확히 이해하고, 재건축사업의 장기보유 특별공제 요건을 정밀하게 분석하여 의뢰인의 권익을 보호합니다.